Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon yang berada di Jalan Kyai Abdan No 3 Dlimas Tegalrejo Magelang berada di area Pondok Pesantren Asrama Pelajar Islam (API) Asri Tegalrejo di bawah naungan Yayasan Syubbanul Wathon. Yayasan Syubbanul Wathon sendiri sebelum adanya Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon telah memiliki beberapa unit pendidikan formal, yaitu:

1. SMK Syubbanul Wathon Tegalrejo yang berdiri pada tahun 2007.
2. SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo yang berdiri pada tahun 2010.
3. SMA Syubbanul Wathon yang berdiri pada tahun 2013.
4. SMP Syubbanul Wathon Bandongan yang berdiri pada tahun 2015.
5. SMK Syubbanul Wathon Secang yang berdiri pada tahun 2016.
6. MTs Syubbanul Wathon yang berdiri pada tahun 2019.

Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon merupakan program keberlanjutan dari program wajib belajar 6 tahun di Yayasan Syubbanul Wathon dengan jenjang Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon dilanjutkan dengan Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon. Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon sendiri memiliki izin operasional pada 25 Mei 2021 sesuai dengan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah Nomor 540 Tahun 2021 tentang Pemberian Izin Operasional Pendirian Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon.

Setelah mendapatkan izin operasional, Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon tidak langsung beroperasi melaksanakan kegiatan belajar mengajar di karenakan Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon pada tahun 2021 baru memiliki kelas akhir atau kelas 9. Sehingga Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon  baru aktif dan beroperasi pada tahun ajaran 2022/2023. Pada tahun ajaran 2024/2025 Madrasah Aliyah Syubbanul Wathon mendapatkan nilai akreditas predikat Unggul dengan nilai A berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar, dan Pendidikan Menengah (BAN-PDM) nomor Nomor: 267/BAN-PDM/SK/2024.