Pagar Nusa Madrasah Aliyah merupakan kegiatan ekstrakurikuler bela diri yang bertujuan untuk membentuk karakter siswa yang disiplin, tangguh, dan berakhlak mulia. Melalui latihan rutin dan pembinaan spiritual, siswa diajarkan untuk menjaga diri, menjunjung tinggi nilai-nilai keislaman, serta menumbuhkan semangat persatuan dan cinta tanah air.